เรื่องย่อ : วันหนึ่ง โคนันและเพื่อนๆ ได้ไปเยี่ยมเกาะฮะจิโจตามคำเชิญของโซโนโกะ ระหว่างนั้น โคนันได้รับข้อความจากโอกิยะ ซุบารุ (อากาอิ ชูอิจิ) บอกว่ามีเจ้าหน้าที่ยูโรโพลถูกองค์กรชายชุดดำฆ่าตายที่เยอรมนี โคนันจึงรู้สึกสังหรณ์ใจและลอบขึ้นเรือลาดตระเวนของตำรวจเพื่อไปยังทุ่นแปซิฟิกเมื่อมาถึงทุ่นแปซิฟิก โคนันได้พบกับวิศวกรสาวคนหนึ่งถูกองค์กรชายชุดดำลักพาตัวไป องค์กรชายชุดดำต้องการข้อมูลสำคัญใน USB ไดรฟ์ของวิศวกรสาว เพื่อใช้ก่ออาชญากรรมร้ายแรง โคนันและเพื่อนๆ ร่วมมือกับตำรวจเพื่อช่วยเหลือวิศวกรสาวและหยุดยั้งองค์กรชายชุดดำ ในที่สุดพวกเขาก็สามารถจับกุมสมาชิกองค์กรชายชุดดำได้ และปกป้องทุ่นแปซิฟิกไว้ได้ ภาพยนตร์เรื่องนี้เน้นไปที่ตัวละครไฮบาระ ไอ อดีตสมาชิกองค์กรชายชุดดำ เธอรู้สึกกลัวและกังวลว่าองค์กรชายชุดดำจะกลับมาทำร้ายเธออีกครั้ง โคนันและเพื่อนๆ จึงพยายามปกป้องไฮบาระจากอันตราย