เรื่องย่อ : วันหนึ่ง ชินจังและครอบครัวได้ไปเยี่ยมชมพิพิธภัณฑ์ศิลปะญี่ปุ่น เมื่อไปถึง พวกเขาได้พบกับหญิงสาวคนหนึ่งชื่อจิโยเมะ เฮโซกะคูเระ เธออ้างว่าเธอเป็นแม่ที่แท้จริงของชินจังและพาเขาไปที่หมู่บ้านนินจาลึกลับแห่งหนึ่ง ชินจังต้องเรียนรู้วิชานินจาโบราณเพื่อปกป้องหมู่บ้านจากศัตรูลึกลับระหว่างการฝึกฝน ชินจังได้พบกับเด็กชายนินจาชื่อชินโซ ชินโซเป็นลูกชายของจิโยเมะและเขามีความสามารถพิเศษในการมองเห็นวิญญาณ ชินจังและชินโซได้ร่วมมือกันเพื่อสืบหาความจริงเบื้องหลังการลักพาตัวชินจังและเพื่อปกป้องหมู่บ้านนินจาภาพยนตร์เรื่องนี้เผยให้เห็นต้นกำเนิดที่แท้จริงของชินจังและความสัมพันธ์ของเขากับจิโยเมะ ภาพยนตร์เรื่องนี้ยังสำรวจธีมของการยอมรับตนเองและความสำคัญของครอบครัว